საპილოტე პროექტის ფარგლებში, ეფექტიანობის აუდიტი ჩატარდება მაღალი რისკებისა და საზოგადოებრივი ინტერესის მქონე პროგრამაზე. ეფექტიანობის აუდიტი  განხორციელდება საერთაშორისო სტანდარტის (ISAI 3000), საუკეთესო საერთაშორისო პრაქტიკისა და საქართველოს ეროვნული კანონმდებლობის შესაბამისად. პროცესს გაუძღვება მოწვეული საერთაშორისო ექსპერტი ნიჰად ნაკაში, რომელიც ამჯერად საქართველოში იმყოფება.

აუდიტის მიზანია დაადგინოს პროგრამის განხორციელებისთვის  ხდება თუ არა პროგრამის მასშტაბის შესაბამისი რესურსების მობილიზება, ასევე შეაფასოს პროგრამაზე მიმართული სახსრები რამდენად ეფექტიანად და ეკონომიურად იქნა გამოყენებული და შედეგად, რამდენად მოხდა დასახული მიზნების მიღწევა.

ეფექტინობის აუდიტი არის ერთ-ერთი ახალი აუდიტის სახე და შიდა აუდიტის სუბიექტებისათვის მნიშვნელოვან გამოწვევას წარმოადგენს. შიდა აუდიტის ფუნქციის გაძლიერება მნიშვნელოვანია საჯარო დაწესებულებებისათვის და წარმოადგენს სახელმწიფო ფინანსების მართვის რეფორმის ნაწილს, ხოლო ეფექტიანობის აუდიტის სათანადოდ დანერგვა-განხორციელება პრაქტიკაში, მნიშვნელოვნად გაზრდის საჯარო სექტორის ეკონიმიურ, ეფექტურ და ეფექტიან ფუნქციონირებას.

საქართველოს განათლებისა და მეცნიერების  სამინისტრო ასევე მუდმივად ზრუნავს მაღალი კვალიფიკაციის კადრების მოზიდვაზე და უწყებაში დასაქმებული მოხელეების კვალიფიკაციის ამაღლებაზე. შესაბამისად, სამინისტროს დაკვეთით  და საქართველოს ფინანსთა სამინისტროს აკადემიის ორგანიზებით, სამინისტროს შიდა აუდიტის  30-მა წარმომადგენელმა წარმატებით გაიარა ,,სპეციალიზებული კურსი შიდა აუდიტის თანამშრომელთათვის.“

აღნიშნული კურსი  5 სასწავლო მოდულისაგან შედგებოდა -სახელმწიფო ბიუჯეტი, სახელმწიფო შესყიდვები, საგადასახადო კანონმდებლობა, საბიუჯეტო ორგანიზაციების აღრიცხვა-ანგარიშგება და ორის ბუღალტერია. კურსის დასრულების შემდეგ, საქართველოს განათლებისა და მეცნიერების მინისტრის პირველმა მოადგილემ ქეთევან ნატრიაშვილმა გადამზადებულ თანამშრომლებს სერტიფიკატები გადასცა და მომავალი წარმატებები უსურვა. აღსანიშნავია, რომ მონაწილეთა უმეტესობამ ოქროს, ნაწილმა კი, ვერცხლის სერტიფიკატები დაიმასახურა.