უმაღლესი განათლებისა და მეცნიერების განვითარების დეპარტამენტის მიზანია ქვეყანაში უმაღლესი განათლებისა და მეცნიერების განვითარება, უმაღლეს განათლებაზე ხელმისაწვდომობის ზრდა, მეცნიერების პოპულარიზაცია და ქართული ენის ხელშეწყობა.
უმაღლესი განათლებისა და მეცნიერების განვითარების დეპარტამენტის საქმიანობა ძირითადად მოიცავს უმაღლესი განათლებისა და მეცნიერების სისტემის ანალიზს და მის საფუძველზე შესაბამისი საკანონმდებლო ინიციატივების მომზადებას სისტემის მოდერნიზაციის მიზნით; ერთიან ევროპულ საგანმანათლებლო სივრცესთან უმაღლესი განათლების სისტემის ჰარმონიზაციის პროცესებზე მუშაობას, მეცნიერების განვითარების ხელშეწყობას მისი დაფინანსების, მართვისა და შეფასების სისტემის სრულყოფის გზით; მეცნიერებისა და ინოვაციების ფესტივალის ორგანიზებას, სტუდენტებისა და მოსწავლეებისათვის მეცნიერების პოპულარიზაციის მიზნით; უმაღლესი საგანმანათლებლო დაწესებულებების მხარდაჭერას საგანმანათლებლო და სამეცნიერო-კვლევით პროცესებში; საქართველოსა და უცხო ქვეყნის მოქალაქე სტუდენტებისათვის სოციალური პროგრამების დაგეგმვასა და განხორციელებას; საქართველოს სახელმწიფო ენის პოპულარიზაციასა და გავრცელებასთან დაკავშირებული პროგრამების ხელშეწყობას.
უმაღლესი განათლებისა და მეცნიერების დეპარტამენტი აერთიანებს ოთხ სამმართველოს:
თითოეულ სამმართველოს გააჩნია საკუთარი საქმიანობის სფერო, პრიორიტეტები, ფუნქციები და კომპეტენციები, რომელთა მიზანი ქვეყანაში უმაღლესი განათლებისა და მეცნიერების განვითარება, უმაღლეს განათლებაზე ხელმისაწვდომობის ზრდა, მეცნიერების პოპულარიზაცია და ქართული ენის ხელშეწყობაა.